Swiss Pdb Viewer Deep View

 

v4.0

 

Index
User Guide
  1. Main
  2. Files
  3. Control Panel
  4. Selecting
  5. Move & Rotate
  6. Display
  7. Rendering
  8. Tools
  9. Mutations
  10. Torsions
  11. Preferences
  12. Electrostatics
  13. Surface
  14. Scripting
  15. Hardware stereo
  16. Tips & Tricks
  17. Download Manual
User Guide
Tips
Tutorial
Download
Feedback
Art Gallery
References


by Nicolas.Guex & Torsten.Schwede

 

Stereo Display


Swiss-PdbViever obsługuje dwa różne tryby widoku stereoskopowego. "Side by Side" i "hardware". Pierwszy tryb jest obsługiwany na wszystkich maszynach, podczas gdy drugi jest obsługiwane tylko na komputerach wyposażonych w stereograficzne urządzenia (np. Stereographics CrystalEyes). Proszę zapoznaj się z instrukcją, aby zapobiec uszkodzeniu ekranu.


"Side by Side"

Tryb ten jest całkowicie bezpieczny. Dwa obrazki są wyświetlane obok siebie na ekranie. Obrazek po lewej to obraz kontrolny (na który można kliknąć, będziesz jeżeli chciał wybrać dowolny atom). Oba obrazy są obracane wokół osi pionowej o 2 stopnie. Cała sztuczka widzenia w stereo polega na spojrzeniu na lewy obraz lewym okiem, a na obraz prawy prawym okiem! W miarę jak dwa obrazy będą obracane, każde oko zobaczy molekułę z nieco innej strony i twój mózg połączy dwa obrazy w jeden obiekt 3D. Dwa czynniki wpływają na postrzeganie widoku stereo. Jednym z nich jest w separacja pikseli (można ustawić w oknie "stereo preferences"). Im dalej od siebie są obrazy, tym trudniej będzie utrzymać każde oko na prawidłowym obrazie. Drugi parametr to kąt obrotu. Zauważ, że ujemny kąt obrotu oznacza, że lewy obraz będzie wyświetlany po prawej stronie ekranu, a prawy obraz po lewej stronie. Jest to widok stereoskopowy tzw. "cross-eye".

Hardware stereo

Dwa rodzaje sprzętu są obsługiwane..


Jak ocenić, czy dany sprzęt może obsługiwać opcje stereo?

Pamiętaj, że twoim obowiązkiem jest upewnienie się, że sprzęt naprawdę obsługuje funkcje stereo. Procedura opisana poniżej jest tylko wytycznymi. 


Macintosh:

Obsługiwane tylko w trybie powyżej / poniżej (A/B).
Otwórz panel sterowania monitora i dźwięków, pokaż wszystkie rezolucje (nie tylko zalecane) i dowiedz się, czy monitor obsługuje rozdzielczość 60Hz lub mniej. Jeśli tak, to jest duża szansa, że możesz uruchomić opcje A/B stereo. Zauważ, że urządzenie do stereografii musi być podłączone pomiędzy twoim monitorem i komputerem. Skoro kabel ma wtyczkę HD15, trzeba sprawdzić, czy monitor posiada wejście HD15. Ten warunek nie jest spełniony w przypadku monitorów firmy Apple, w tym przypadku konieczne będzie dokupienie dodatkowych wtyczek/przejściówek. Sprawdź u swojego dostawcy Apple co należy zrobić w Twoim przypadku. 

Przetestowaliśmy to z powodzeniem na PowerMac 9600 z 21 calowym kolorowym monitorem Apple multi-synch i SGI 20 calowym monitorem kolorowym.


SGI:

Obecnie jedynym trybem obsługiwanym jest A/A (STR_RECT). W zasadzie SGI są gotowe do wyświetlania widoku stereo, ale może być potrzebne dodatkowe adaptory na niektórych maszynach i emiter we wszystkich przypadkach. Przetestowaliśmy to z powodzeniem na Indy SGI z 20 "monitor.

Przetestowaliśmy to z powodzeniem na Indy SGI z 20 calowym monitorze.


PC:

Dwa tryby stereo sprzętu są obsługiwane: 

  • Format Above/Below

  • SwissPDB-Viewer używa tego formatu dla wszystkich kart graficznych, które nie obsługują poczwórnego buforu OpenGL Stereo w bieżącym trybie wideo. Jeżeli zaznaczymy opcję Stereo-sprzętowego to w tym przypadku będzie widać 2 oddzielne zdjęcia się na górze i na dole ekranu.
    Aby uzyskać dobry jakość stereo, być może trzeba będzie ustawić przesunięcie pionowe z 2 zdjęcia za pomocą strzałki góra i dół (podczas gdy stereo jest aktywne). Testowaliśmy ten tryb z powodzeniem na stacji roboczej Kajak HP z monitorem HP1100. (Ten tryb obsługuje również karty graficzne DimaondFireGL400).

    Upewnij się, że karta graficzna pracuje prawidłowo z odświeżaniem pionowym (np. 60Hz) przed zmianą swojego emitera (np. EPC2) do stereo. Zobacz instrukcje obsługi sprzętu swojego po szczegóły!

  • OpenGL stereo w jednym oknie

  • Jeśli stereo OpenGL jest obsługiwana przez kartę graficzną, SwissPDB-Viewer używa tego formatu automatycznie jako domyślny format.You sprzętu stereo powinien zobaczyć zarówno lewo-i prawo-Eye View nałożony w jednym oknie. W e testowałem tego trybu z powodzeniem na HP wizualizacji FX4 karty graficznej z monitora HP1100. If OpenGL stereo is supported by your graphic card, SwissPDB-Viewer uses this format automatically as your default hardware stereo format.You should see both left- and right-eye view superimposed in one window. We have tested this mode successfully on an HP visualize fx4 video card with an HP1100 monitor.

Linux:

The only stereo mode supported is Above/Below

SwissPDB-Viewer will determine different video modes supported by your hardware from the configuration file 

/etc/X11/XF86Config
While switching to stereo view, the program will install a videomode with a lower vertical refresh rate to stay within monitor limits when you activate your emitter. On switching back to mono view it will reinstall your previous settings.
 

Example:

In the following I assume you are using a resolution of 1280 times 1024 with an appropriate vertical refresh rate. 
We want to add a new video mode at 1600 times 1200 which the program will use to display the stereo view.

 You have to adjust your configuration file for the X server (/etc/X11/XF86Config) as following:
 

  1.  The entry in "VertRefresh" must match your monitor's hardware limits! WARNING: Check your hardware manual for correct settings to prevent monitor damage!

  2. in our example we use: "VertRefresh 40-120". 
     
  3. Enter a new modeline with a new screen resolution., e.g.

  4.  

    Modeline "1600x1200"   135.00   1600 1604 1688 1928   1200 1225 1228 1262

    where "1600x1200" is the resolution, 135.00 is the pixel clock in MHz, the first block of four figures are the horizontal rates and the last four figures are the vertical rates. Htotal is 1928 and Vtotal is 1262. You can adjust these settings with the program "xvidtune", once it is in the config file.
    The total vertical frequency of the mode should not be more than half the maximum your monitor supports! You can calculate the vertical refresh frequency in Hz with the formula: pixel_clock * 1000 * 1000 / htotal / vtotal
     

  5. Make the new mode active in your X server's section "Screen" in the config file. Change the line "Modes" in the subsection "Display" to contain the previously defined mode, e.g.

  6.  

    Modes       "1600x1200" "1280x1024"

we have tested this successfully on a HP vectraVE with a 21" Compaq Qvision210 monitor.